一艘巨大的外星无人探测器向地球航来，它不断地发出奇特的电波信号：功率强大的信号煮沸了海水，干扰了附近的星舰并造成了广泛的破坏。此时，詹姆斯·柯克中将与他的船员们在完成了让斯波克上校复活的任务后，驾驶着从克林贡人那抢来的猛禽舰（被改名为“赏金号”）从瓦肯星返航，尽管他们已经知道了将面临军事法庭的指控：他们被指控盗窃了联邦星舰进取号，并对她的毁坏负有责任。在此关头，尚在恢复中的斯波克发现这艘外星探测器正尝试与地球上的座头鲸建立联系；但不幸的是，早在3个世纪前座头鲸就因过度的捕猎而灭绝了。

2285年，在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号，返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为斯波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种异常的行为：如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱语等，最后他被送进了医院进行精神检查。斯科提被另分派到了联邦星舰精进号。星际舰队指挥部 对新形成的创世星下达了禁入令。柯克被告知，进取号即将除役。斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉他，斯波克的遗体必须返回瓦肯星，否则他的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须回到创世星，寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊进行了心灵融合，因此带有斯波克灵魂的麦科伊也必须前往瓦肯星。可是，星际舰队拒绝让陈旧的进取号离开太空港。从医院出来后听闻消息的麦科伊，企图招募一艘飞船回到创世星。在与人争吵时他被逮捕，但这并没有影响到整个计划：在柯克、斯科特、苏鲁、乌乎拉和切科夫的帮.

当一个隐蔽的沙漠基地被迫将第三次世界大战转移到一个强大的对手身上时，便雇用了一批突击队和武器化的恐龙来完成这项工作。

十几岁的少年鼓起勇气帮助一个被称为ARI的友好机器人，该机器人被无情的实验室主任绑架，他为一家强大的公司工作，该公司试图将他变成危险的武器以统治世界。

五名青少年争夺企业家兼科学家阿提库斯·维尔图 (Atticus Virtue) 拥有的一座豪宅。为了获胜，青少年们必须与控制这座豪宅的超级计算机 HAVEN 展开对决。

地球被外星机器人入侵，人类变得稀少和贫困。在偏远的乡村，饥饿的人们如同盘旋在天空中的外星人一样危险。一个精力充沛的19岁女孩Sarah Connolly（达科塔·布鲁·理查兹 饰）开始拼命反击一群饥饿的土匪，她保卫着她父母的农场、剩余的牲畜、和太阳能电池板……如果她不成功，她将失去唯一的食物与住所。

当五个朋友在一个偏远的湖畔度假时，他们期待着一个不错的时光，不知道地球正在遭受外星人入侵和大规模绑架。

在毫无征兆的一个晴朗日子，一枚导弹笔直飞来，将国际大都会东京都内极具代表性的彩虹桥炸为两截。该事件在都内引起不小的骚动，此后不久，警视厅公安部外事三课的警部高畑慧（高岛礼子 饰）带着相关视频资料找到藤田继次（筧利夫 饰）所统率的特车二课，经分析发现这次袭击来自于那架自卫队不久前失窃的新型战斗直升机AH-88J2改“灰色幽灵（Grey Ghost）”。经高畑之口得知，该恐怖事件与拓植行人、灰原零（森カンナ 饰）有直接的关系。而在纷乱的实践中，特车二课则面临着被撤消的危险。

在一个普通的夜晚，约翰（斯科特·阿金斯 Scott Adkins 饰）的家被几名蒙面人闯入，他遭到对方无情痛击，血流满面，疼痛难耐，接着妻子与可爱的女儿便在眼前被匪徒们枪杀。在昏迷长达数月后，约翰苏醒过来，他清楚记得曾摘下头套以真面目示人的匪徒头目的长相，从负责此案的FBI探员口中得知，此人名叫卢克·戴沃洛克斯（尚格·云顿 Jean-Claude Van Damme 饰），曾经是一名孔武骠悍的军人。约翰无论如何也想不透遭此厄运的缘由，回到家中，往昔美好情景历历浮现，令他痛苦不堪。在这一过程中，卢克宛如鬼魅一般时时刻刻搅扰约翰的神经，他尝试寻找真相，却发现那看似真实无疑的记忆竟也如此虚假。

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一颗流星撞击月球并改变了月球的轴线及运行轨迹，地球的引力将月球拉入其行星的轨道。现在，充满了争斗和麻烦的地球上，各国政府互相倾轧。但是面对人类和地球历史上最致命的危机的时候。伟大的科学家们摒弃了争执，齐心协力必须找出阻止月球撞击地球的方法，否则就太晚了。一位名誉扫地的前美国国家航空航天局宇航员，提前获知了月球即将撞击地球的科学证据和关键的科学数据。这些珍贵的科学研究资料将是科学家们挽救地球的关键所在。

冷战时期，布鲁斯·班纳（艾瑞克·巴纳 Eric Bana 饰）的父亲是美军的一位科学家，致力于研究通过基因改造让人类获得超强的能力，想以此为美军打造超级士兵。可是他的项目没有获得美军的支持，不能进行人体试验，疯狂的父亲为了完成试验就在刚出生的班纳身上进行基因试验。多年后，班纳成为了出色的科学家，专职为军方开发新型的高能炸弹。在一次例行的试验中，由于操作失误，班纳为了保护同事，受到了一场伽马射线的强力辐射。常人如果在这场射线爆炸下肯定必死无疑，可是班纳却活了下来。多年前，父亲在其身上做的试验也因这场核辐射生效。一旦班纳发怒时，就会诱发身体里的神秘力量，变为毫无意识的绿巨人，拥有超强的破坏力和反抗意识。因此，美国军方为了深入研究，开始围追堵截绿巨人……