第二部里，张大勇（陶大宇饰）与李忠义这对默契排档继续与狡猾凶狠的罪犯斗智斗勇。感情方面，大勇与高婕（郭可盈饰）成为斗嘴情侣，感情稳定增长。新来的女警员蓝嘉文（郭霭明饰）单纯善良，暗恋大勇并主动示爱。令大勇和高婕的问题出现新的危机。此时，高婕发现嘉文过去曾在外国因为三角恋而放火杀人，正当要揭发这一段过去时，高婕的朋友离奇被杀。嘉文对过去的矢口否认也不像假装，大勇与高婕的误会加剧，事情的真相扑朔迷离。

林一江（陶大宇 饰）遇见薛水（陈豪 饰）时感到是上天最大的恩赐，因薛水是一江十三岁时失散的亲弟弟，多年来一直对此满怀愧疚的一江提议要把薛水接回家住，一家人齐齐整整。然而一江独力养大的弟弟二洋（苏志威 饰）、四海和妹妹小湖（唐诗咏 饰）却各有自己的意见。

杨沛聪（罗仲谦 饰），美雪（黄智雯 饰）等刚从医校毕业的新生，正式开始实习医生真枪实弹的工作。每个被分在神经外科的实习医生，都不禁对科室里的张一健（马国明 饰）医生又敬又畏，因其做事格外认真、一丝不苟的个性被医院上下称呼为“一件头”。他为了能实现双脚瘫痪的弟弟一康（魏焌皓 饰）去美国留学的心愿，一直拼命工作努力存钱，对个人感情的事避而不谈。直到范子妤（杨怡 饰）的出现，她不仅是一健导师的女儿，而且从小对医学充满热诚，对一健从仰慕之情转为爱慕之情。对于一健的回避，她反而采取主动，甚至在一康意外不幸离世之后，给伤心欲绝的一健安慰和鼓励，令其重拾医生的信念。正当一切好转之际，子妤被检查出脊髓内肿瘤中的星型细胞瘤，一健恍然大悟内心的情感……

不学无术却聪明伶俐的韦小宝（张卫健 饰），自小和母亲在扬州丽春院卖艺来维持生计，与心爱的小金鱼（舒淇 饰）青梅竹马。原本平凡的人生因为一次意外而彻底改变。不仅为天地会的陈近南（郑伊健 饰）收为徒弟，还被康熙帝派下江南的心腹太监海大富强行带回了皇宫来完成自己的打算。进入皇宫的韦小宝在海大富的指引下认识了刁蛮任性的建宁公主（林心如 饰）和阴险恶毒的太后（陈法蓉 饰），还误打误撞的和少年康熙（谭耀文 饰）成了好朋友。一方面韦小宝为反清复明的天地会出谋划策，一方面帮助小玄子扫清他皇帝路上的政治障碍。多次化险为夷死里逃生的小宝却在眼见修成正果前途一片光明的时刻，忠与义的抉择让他陷入了两难的境地，而他选择了放弃了大好的前程，带着自己的七个老婆离开…

古峰（吴孟达 饰）和段海（刘江 饰）皆是苍穹派弟子，因为盗取了极乐神功的秘籍，古峰保住了段海，自己却被逐出师门。为了报答古峰，段海收养了他的儿子古玉楼（吴镇宇 饰），对其悉心教导，段海待古玉楼之好，甚至超过了待他的亲生儿子段飞（周星驰 饰）。

彭锦秋（欧阳震华饰）是个投机主义者，因一次出错，令他遇上生意失败，变成一无所有。他认识一位曾帮他走水货的青年连长胜（袁伟豪饰），长胜现为一支刚从丙组升为乙组的神奇球队内当兼职球员。锦秋由此得知球队赞助人程国柱（郭政鸿饰）正准备与国际品牌签约，并用这支球队做亚洲地区广告代言人。 锦秋认定这是千载难逢的翻身机会，于是假扮超级球迷，欺骗球队班主兼教练樊大伟（许绍雄饰）得以做球队营运总监。其后因球队数名成员要应付会考而离队，于是锦秋提出只要他们继续留队，就有办法让大家会考取得好成绩，而国柱更找到著名补习天后严家励（邓萃雯饰）出手，为球队开设会考特训班。

女律师毛小慧（郑裕玲 饰）是个典型的事业型女性，自视甚高。事业得意的她爱情却是一片空白，寂寞的她万分期待爱情的来临。旅行归来后她看到公司发生了极大的变化，老板更安排了一个做事散漫、吊儿郎当的师爷余乐天（黄子华 饰）当她的助手，小慧虽然极不愿意但也无法抵抗老板的指示，小慧认为乐天是比她低级的男人，乐天也看不惯小慧的高傲自信，成了斗气冤家。最后更一同住进了老板因债务出售的豪宅中，斗嘴斗气的事仍然不停上演，作风大不相同的两人终日斗气，引发一个个幽默风趣的故事。

继续展现ICAC如何锲而不舍，打击层出不穷的贪污舞弊罪行，不让繁荣稳定的香港因一小撮人而负上沉重的代价。《廉政行动二○○四》分为五个单元剧，分别是由贩卖外国护照改编的“终极斗智”、由解款车走私案改编的“不一样的赌注”、改编自首宗因身为公职人员行为不当而犯罪的“以权谋私”、廉署同一时间调查两宗涉及税务贪污案件的“猎户天龙”，以及综合所有公营房屋短桩案而成的“短桩”。

金秉信（马国明 饰）本是法律系高材生，却因一次冤狱而决定开启法律行政人员之路。凭借八面玲珑的处事手腕，秉信逐渐建立“金师爷”金漆招牌。金师爷任职的律师楼突然面临倒闭，他运用人脉化解危局，还获律师田佑家（林夏薇 饰）、庾国栋（黄嘉乐 饰）加盟共事，并与大状马玮雄（张颕康 饰）组成新的法律界“最强CP”，解决各宗错综复杂的案件。

翠竹镇上有孟丽君（叶璇 饰），喜爱女扮男装出外求学淘气，才智过人天性聪慧的她是大夫孟士元的掌上明珠。机缘巧合下，男装打扮的她认识了同是乔装打扮的皇上铁穆耳（马德钟 饰）和憨直少年皇甫少华（林峰 饰）。孟丽君常听见暗夜笛声，早对吹笛人芳心暗许。家中早已安排好丽君与少华的婚事，怎奈由于彼此隐瞒的关系，丽君并不知道少华就是自己结拜的二哥，同时又误以为吹笛人就是铁穆耳，以致情根错钟。拒绝盲婚哑嫁的她带着丫鬟离家出走。

话说唐明皇一生风流重色，杨贵妃千娇百媚选在君王侧，集三千宠爱与唐明皇夜夜笙歌。所谓只见新人笑，可怜冷宫长夜的梅妃苦忆旧时情，于惆怅间寄语断肠诗，唐明皇读诗不忍，连夜驾幸，梅妃因怀有龙胎。但杨贵妃岂肯罢休，加上其兄杨国忠策谋，令二妃争宠成水深火热，忠臣钦天监力挽无从，最后更导致梅妃惨死后宫的悬案……时光飞逝，几道轮回，二十世纪的香港,康宝儿到广告公司应聘,无意将齐望月推入池中,后竟发现望月是广告公司主管,广告公司老板却认为宝儿是富星,不顾望月反对而聘用宝儿,望月一心认定宝儿是其克星,但在心地善良,待人真诚的宝儿终于感动了她,两人成为好朋友.

　警员陈富贵（王喜 饰）天资过人，刚从警察学校毕业就担起了卧底的重任，打入一犯罪集团内部搜刮它的首脑的罪证。犯罪集团追杀马来西亚新进女星梅香琴时，香港警方派出保护证人组保护她，陈富贵在暗中助她脱险时被保护证人组的探员关彦博（魏俊杰 饰）误会，以为他也是匪徒之一，于是大打出手。富贵凭借其机警灵活，摆脱了彦博的追捕。陈富贵完成卧底任务后，被调往保护证人组，与彦博成为拍挡。这群年轻人在保护证人组里一起面对各种艰险的挑战！