在第2季中，将会有新的敌人出现在主角大门界人的面前，故事将继续围绕“Orphism Order”和“Phi Brain”之谜展开，并且随着这些谜题的越发悬疑，界人的战斗热情也越发高涨。将会有怎样的命运等待着界人，界人与同伴间的羁绊又会如何呢？相信这一切都将会在第2季中得到解答。

出云风子在8岁时，因自己的能力“不幸”造成了一场200人死亡的飞机事故，而她的双亲也在事故中丧生，她自此10年闭门不出。2020年8月，在一直追看的长篇少女漫画连载完结后，她决定自杀。此时她遇见拥有“不死”能力的安迪。安迪凭借其强大的再生能力，即使在风子“不幸”能力的影响下仍能生还。阻止风子自杀后，两人出发寻找让安迪死去的方法。

C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......

故事发生在不远的未来，海平面因为不明原因急速上升，大多数地表都沉入了海中。小时候因为事故而失去一条腿的少年斑鸠夏生，厌倦了都市的生活，移居到了海边的乡村小镇。曾经身为海洋地质学家的祖母留给他的，就只有船、潜水艇和一堆债务。

　　昆‧萨札号是现今少数的现役捕龙船，每个船员都为了各自目的而上船工作，捕龙人‧米卡他最最大的乐趣就是能够吃到各种美味的龙肉料理。而他再捕捉龙的时候不但会面露微笑，而且总是奋不顾身让其他人吓出一身冷汗，但是他对龙的了解无人能出其右，因此在船上是个备受信赖的人物。如今他们遇上前来寻找小龙的母龙，这次的人龙大战结果将是如何呢？

塔原直哉（佐藤利奈 配音）是一名单身父亲，独自抚养着女儿明日叶（田村由加莉 配音）。某日，直哉在求职的途中遇见了一名神秘女子，这位女子竟然施展魔法将直哉传送到了由梦魔族统治的尤各瓦尔兰王国中。露蒂（钉宫理惠 配音）是王国的公主，依靠吸收男性的精气维生，然而，童年的意外遭遇让露蒂对男性充满了厌恶，而直哉则成为了她的后宫，随时待命准备侍奉露蒂。起初，露蒂只是将直哉视作派遣无聊的玩具，然而，随着时间的推移，直哉的善良渐渐吸引了露蒂，露蒂的心中竟然生出了对于直哉的好感。让直哉没有想到的是，女儿明日叶亦被传送到了王国之中，露蒂就此交上了人生的第一个朋友。

三谷裳千绪（太空直美 配音）是就读于鲛岛学园的平凡高中一年级女生，无论是样貌、性格或是成绩，都只能用平平无奇来形容，然而千绪本人非常享受这种低调闲散的状态。在家里，千绪是个标准的游戏宅，总是沉迷于各种各样的欧美角色扮演游戏之中。千绪的家离学校并不远，所以每天千绪都依靠走路上学，奇怪的是，每一天，在千绪的上学路上，似乎有什么在冥冥之中阻挠着她抵达学校，状况百出，麻烦不断，而千绪兵来将挡水来土掩，最终总是能够化解危机。和千绪一起上学的，还有和千绪互相嫌弃的青梅竹马野野村真奈菜（小见川千明 配音）和田径部王牌细川雪（本渡枫 配音）等人。 

猫眼三姐妹是专门窃取美术作品的盗贼集团，她们作案时总会留下带有猫眼三姐妹字样的卡片。被猫眼三姐妹所盗的美术作品都属于她们失散多年的父亲海因茨（一位著名的艺术收藏家）所拥有。犬鸣警察署刑警内海俊夫负责调查猫眼三姐妹的案子，但是逮捕行动却一次又一次因猫眼三姐妹逍遥法外而失败。来生瞳是内海俊夫的女友，经营一家同样名为“猫眼”的咖啡厅。内海俊夫却不知道，来生瞳即是猫眼三姐妹之一……

故事以中世纪欧风世界为舞台，喜欢看书的侯爵千金「依莉亚娜」与王太子「克里斯朵夫」为了各自的需求，订下有名无实的婚约。某日依莉亚娜误会王子找到真正心爱的女孩，做好了取消婚约的准备，因而展开各种事件并卷入王家的阴谋。原作小说原先于小说投稿网站「成为小说家吧」进行连载，后由一迅社进行出版，另有改编为漫画版

皿屋敷中学的不良少年浦饭幽助终日无所事事，或与青梅竹马雪村萤子吵架拌嘴，或拿死对头桑原和真出气。某日，逃课玩耍的幽助从车轮下救起一位小姑娘，自己则被汽车撞死。他的举动出乎灵界的预料，因此得到一个复活的机会。经过一次次的考验，幽助最终在萤子和桑原的帮助下重返人间。

喜欢天空，喜欢摄影的普通高中生森宫依人（冈本信彦 配音）和体弱的姐姐森工苍乃（中原麻衣 配音）相依为命。在一次拍摄天空的过程中，依人和命定的少女四方茉莉（能登麻美子 配音）相遇，这个活泼开朗的女孩让依人很有好感。因为一些意外，茉莉住进了依人的家，和依人的同学石月真名（本多阳子 配音）等也成为了好友。恰巧的是，真名的妹妹小依（清水爱 配音）和依人的姐姐苍乃住在同一家医院。于是，依人和真名等的联系更加紧密了。随后出现的一些事件，让依人认识到原来茉莉是传说中的“夜娲人”，拥有超强能力和不死之身，而许多事情的真相依人却还不知晓……

动画第2季《Fate/kaleid liner》（魔法少女伊莉雅2wei）将是漫画版《Fate/kaleid liner魔法少女伊莉雅2wei》的内容，紧接第一季，继续讲述自回收卡片作战过后数周以来，伊莉雅重返过去的日常生活。然而，既然已经当过魔法少女，麻烦就会如影随形！这次她竟然是被无预警出现的另一个自己追杀!?魔法恐怖(？)故事。第2幕堂堂开演！